As obras de requalificação da Igreja de S. Francisco e da Capela dos Ossos foram levadas a cabo de Junho de 2014 a Outubro de 2015, por um conjunto de empresas especializadas em conservação e restauro (Arquitecto Adalberto Dias, STAP, Monumenta e Afaplan) e com o apoio de instituições de investigação como a Universidade de Aveiro, com o Professor Engenheiro Aníbal Costa, e o Instituto Superior Técnico, com o Professor Engenheiro António Sousa Gago.
A obra teve o custo de 4 197 352,15€ e teve o Co-Financiamento FEDER no valor de 2 442 793,72€.
Agora requalificado, o espaço apresenta também um Núcleo Museológico com obras de arte sacra - pretendendo desta forma contar a história da Igreja e do Convento ao longo do tempo -, bem como uma Galeria com a colecção de presépios do General Canha da Silva.